序章 Girl in the woods [树海の少女]
巴尔内亚大陆南部，尤罗斯地区朱内尔大森林中，有观测到灵光场发生异常的现象。艾因萨兹率领[法尔兹福]第七中队前往调查，这是队中新人贝鲁特的第一次实战。
来到最深部的队员们发现了巨大的茧，而此时一只大比基塔出现并向众人袭来。
打倒怪物之后森林发生了大爆炸。强光过后，出现在众人面前的竟是美丽少女的身影……
要点：路上会不断有各种系统教学，而且每次教学都可以进行HP回复，所以基本没有难点。只需一路前进就可以见到BOSS，作为序章BOSS，它的实力不足为惧。
ACT1 Uncovering [遗迹の街]
将少女带回据点船[移动舰乌龟号]后，大家从她口中得知她失去了记忆，只记得自己叫伊迪娅。
另一方面，从司令部传来了第七中队下一个任务的信息，那是古都阿玛提的利内尔神殿的司祭发出的救援邀请。一是因为那附近出现了大量比基塔，二是因为神殿里似乎有什么贵重的东西不见了……
要点:此时可以在据点船内自由行动，船内有传送点、公告 板等设施，上方的房间内还可以进行武具的合成与强化。向右边前进就可以离开船舰，来到古都アマティー。这条街道上有武器和道具屋，其中的商品在经过一次画 面切换后附加能力就会发生改变，可以利用旁边的传送点来刷出称心的装备。
与司祭见面后得知，神殿的[至宝]有一部分消失了，而它的本体现在还在地下遗迹，名叫[圣经外典]。为了让司祭放心，队员们决定前往遗迹深处查看至宝的情况。而身体刚刚恢复的伊迪娅，眼前出现了幻觉，并听到了圣经外典召唤她的声音……
要求与第七中队一同前往的伊迪娅，在贝鲁特发誓一定会保护好她后，队长艾因萨兹同意了她的请求。
要点：此时可以进行队伍编程，大家尽管选择自己喜爱的角色组队吧！之后从街 道西北方向出发来到ロタ平原，一直向北走会发现钟乳洞口被堵住了。回去与司祭对话后便可坐升降机来到ダウンタウン，与河边的老婆婆对话。之后再次去ロタ平 原，这次往东走，不久就会看到被比基塔吓坏了的石工。继续前进打倒BOSS后回来与石工对话，按照他的提示向东走穿过バルマ川来到盗贼团的营地。把营地右 边的敌人消灭后与盗贼头子对话获得介绍信，终于可以从ダウンタウン的坑道前往アマティー遗迹了。
在经过一番周折之后队员们终于来到了阿玛提遗迹。站在巨大的遗迹前，伊迪娅似乎看到了一名男子靠近至宝圣经外典的情景……
来到调停者之间，众人的面前出现了一个神秘人型怪物，毫不犹豫地向队员们发起了攻击。而它的真实身份其实是……
