第二章 END
五台战争至此告一段落，萨菲罗斯成了这次战役中最大功劳的获得者，而安吉尔则不知去向。正当扎克斯回忆近期安吉尔身上发生的一切时，萨菲罗斯打来电话叫他到司令室去见拉扎德。（此时可先在城内逛逛，多和NPC对话，会追加任务）。拉扎德宣布扎克斯终于升级为[1st]，此时可装备魔石数量升为了6个，并且有了魔石合成（マテリア合成）技能（关于魔石合成的介绍请看http://bbs.levelup.cn/showtopic-505987.aspx 系统介绍部分），同时给他带来了新任务，（此时会收到神罗新闻，安吉尔和杰奈西斯都被定为在五台战役中殉职），可没想到新任务竟是除掉安吉尔……正当三人正在交谈之时，突然警报声大作，有侵入者入侵神罗公司总部，扎克斯和萨菲罗斯被分别派出去寻找侵入者.
来到入口处发现竟然是神罗公司的兵器在袭击自己人（中途可在49层救助研究员和士兵），原来又是杰奈西斯复制体搞的鬼。接下来是一大段杂兵战，需要注意的就是四个大型机器同时出来的时候，四杆机枪经常连续发射打的玩家无法还手，要多注意防御和用回转攻击。随后萨菲罗斯赶来，从他口中得知这种情况的发生可能是曾经在神罗公司的霍兰德博士在向神罗复仇。两人继续分头寻找入侵者。随后在loveless街救助两拨行人，然后遇到了塔克斯小队成员西斯内被杰奈西斯袭击，秉着英雄救美的优良传统，扎克斯挡在了西斯内面前。
BOSS战：杰奈西斯，这个看起来很像真的的杰奈西斯其实实力并不怎么样，除了他那招限定技“烈日”没法躲以外，其他的基本对玩家造不成威胁，尤其是他举枪射击那招，破绽极大，趁机会绕身后猛K可给予重创。
被击倒的杰奈西斯展开他的黑色单翼妄图逃跑，却被扎克斯一剑掀翻在地，黑色羽毛散落了一地。“翅膀……”西斯内看到倒在地上的杰奈西斯和散落漫天的黑色羽毛显得有些伤感，“人是不长翅膀的，他们是怪物”扎克斯狠狠地说道。“翅膀代表飞翔和自由，并不是怪物的证明哦”，眼前善良可爱的女孩好象也改变了扎克斯的些许想法。此时手机响起，西斯内也告别了扎克斯离开了。电话是萨菲罗斯打来的，说是在八号街第五魔晃炉附近发现了安吉尔的行踪。本次行动的任务是除掉安吉尔，扎克斯当然不愿意去，但没想到萨菲罗斯其实也没有除掉安吉尔的意思，得知此事后扎克斯满心欢喜的奔向了第五魔晃炉……
上来后就会有一场小BOSS战，此战唯一需要注意的就是敌人的攻击会令扎克斯中毒，战前如果有防止中毒状态的防具最好提前换上。
战后扎克斯惊奇的发现怪物的身上竟然有安吉尔的脸，此时萨菲罗斯赶到告诉扎克斯，也许被复制的不只是杰奈西斯。萨菲罗斯对扎克斯讲述了他、杰奈西斯和安吉尔以前在一起时的事情（超长一段精彩的CG，超爽！）
