导航3
返回Bryyo星球后，在ICE区域的Hall of Remembrance下层可以获得变形球的旋转跳跃能力，随后返回Elysia并降落在Landing Site A，可以利用新获得的旋转跳跃能力到达新区域Skytown East。将飞船召唤至此处的着陆点Landing Site B可以为其加装起吊能力，此后遇到的许多大型障碍物均可以通过飞船来起吊搬走。在Xenoresearch B将会面对Metroid的袭击，一定要小心应付，在远距离上建议用超能模式下的光束进行攻击，如果不小心被抓到，则需要通过变形球状态下的炸弹来解围。BOSS战：Helios
这个家伙的最大特点在于可以随意分散的个体。当它召集具有飞行能力的单元将自己包围在其中时，只要集中火力攻击球心内的本体即可；当BOSS处于分散飞行 时，可以采用尾随战术将闪烁白色光芒的单元驱散；当这个家伙再次召集飞行单元组长圆盘造型时，需要利用导弹的多重锁定能力将外围的单元击破，然后再集中火 力射击本体。一旦BOSS开始分散并露出弱点后，就要趁机用超能模式下的大威力光束猛烈轰击红色部位。此后这个家伙还会变成各种形状，可以采用超能变形球 的电击攻击来破解。当BOSS只剩下本体在空中飘浮时，就可以用超能模式光束来结果它了。胜利后原本具有多重锁定功能的普通导弹升级为冰冻导弹。
Pirate Homeworld
导航1 来到本区域后，许多机关需要通过X光目镜模式下的扫描才能破解，因此需要第一时间到Command Vault为战斗服进行X光目镜模式的升级。在场景中行动，要时刻注意必要进入地面上的发光区域。当启动区域内的机关，返回Lift Hub下载本区域的地图后，就可以乘飞船前往Research Facility了。BOSS战：Gandrayda
既然在前面已经解决了两个赏金猎人，那么对付这个善于易容的Gandrayda自然是早晚的事。这为女强人最令人头痛的一点在于她会不断变化为之前曾经与 萨姆斯交战过的强敌。因此，只有灵活运用以往的战术才能有效对付她。当BOSS被打回原形后，她还会使出隐身术来伏击萨姆斯，此时需要注意场景中移动的紫 色痕迹。此外，战斗过程中还需要留意场景的界限变化。将Gandrayda送上路之后，可以令抓取能力获得升级。导航2
再一次返回Elysia后的首要目的是前往Powerworks获得蜘蛛变形球的能力，此后只要在变形球状态下按住Z键便可吸附在墙壁上运动。回到 Pirate Homeworld后可以利用获得的新能力继续前进，中途会遭遇Metroid Hatcher，需要小心应付。 应付在Main Cavern发生的战斗时，敌人会以三个一组的形式不断出现，建议先消灭其中的两个，然后设法破坏最后一名敌人的装甲，令其受到中央设备的引力影响。此时 将敌人打飞可以令其与设备顶部相撞，随后破坏出现的橙色方块，重复四次令全部橙色方块被破坏即可令战斗结束，随后萨姆斯会获得最强的光束武器——诺瓦光 束。